tcga数据库,tcga数据库33种癌症

1、TCGA和ICGC需要归一化吗

需要。当我们使用TCGA表达数据，数据以gene-samplematrix形式整理好了，ICGC也是一个很大的癌症数据库，存放了几十种癌症的数据。我们需要将系数矩阵修改成gene-sample。

美国人领衔的计划(TCGA)在去年结束，加拿大领衔计划(ICGC)现在还没有结束。但是毫无疑问，不管是白种人，黑种人，还是我们黄种人，我们人类最主要的肿瘤基本上都测序结束了，这就导致大量数据的产生。

如何从tcga中筛选预后相关基因 一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常，ICGC数据门户提供了几条研究路线。

tcga工作组发的文章。The Cancer Genome Atlas （TCGA， 数据库。TCGA数据源大部分都是公开的。

一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常，ICGC数据门户提供了几条研究路线。

比如分析的途径等，这样就能找到所有受到影响的基因。除此之外，TCGA数据门户中，还可以从Download Data menu上选择批量下载（Bulk Download），获取体细胞突变数据，以及其它类型数据，比如拷贝数，DNA甲基化，基因表达。

2、tcga数据库firebrowse数据怎么分析

其临床数据整理的相对最完整，指标最多。在TCGA中直接下载数据的方法较为繁琐，但是有多个网站提供TCGA数据（包括表达和临床等）完善的整理：GDAC， Cancer Browser和cBioportal是其中整理最为完整和可靠的。

需要的数据：TCGA上的临床数据。当你下下来时会发现有一大堆。这时需要你做的就是筛选你所需要的。你需要的有：目的基因的表达量、患者生存时间、患者生存/死亡状态。

一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常，ICGC数据门户提供了几条研究路线。

一，数据收集 数据收集是数据分析的最根柢操作，你要分析一个东西，首要就得把这个东西收集起来才行。因为现在数据收集的需求，一般有Flume、Logstash、Kibana等东西，它们都能通过简略的配备结束杂乱的数据收集和数据聚合。

SQLServer的最新版本，对中小企业，一些大型企业也可以采用SQLServer数据库，其实这个时候本身除了数据存储，也包括了数据报表和数据分析了，甚至数据挖掘工具都在其中了。

3、TCGA数据库介绍

TCGA临床数据有两种：数据文件有 (HTSeq count/ FPKM/ FPKM-UQ)3种 介绍链接 生成raw read counts数据记录==在mirnas.quantification.txt==文件中。多比对用cross-mapped列标注。

举例来说，TCGA数据库中包含了 TERRA 转录本的表达信息，可以通过 TCGA 数据门户网站进行检索与下载。而其它一些数据库可能没有包含 TERRA 的信息，需要具体查询。

TCGA-06-0649-01B-01R-1849-01 第四个字段：11A和01B描述的就是样本类型，1-9是肿瘤，10-19是正常，20-29是对照。A 和 B 我也不知道啥意思。由于TCGA barcode 字段宽度是严格的。

TCGA， 全称为The Cancer Genome Atlas（癌症基因组图谱）。通过其名称我们就知道这个数据库主要做的就是肿瘤相关的数据库。ICGC，全称International Cancer Genome Consortium（国际癌症基因组联盟）。